Distintas corrientes migratorias fueron llegando a lo que es hoy el territorio argentino, alrededor del año 3000 a.C..
A la zona que nos ocupa arribaron descendientes de los indios del Caribe, los guaraníes.
Pertenecían a la gran familia lingüística tupi-guaraní, que abarca una gran parte de América del Sur. Sin embargo, en nuestro país no ocuparon grandes extensiones, se establecieron en las cercanías de los ríos Paraná, Uruguay, Iguazú y otras fuentes de agua de la región, en las islas más orientales del Delta del Paraná y en aquéllas que se encuentran más cerca de su desembocadura, también al norte de la provincia de Corrientes y en una pequeña parte del Chaco salteño.
La selva les proveía de todo lo que necesitaban para vivir: alimento, vestido, medicinas y cobijo.
Guaraní significa guerrero. Su dios era Tupa. No tenían templos ni ídolos; Tupa estaba en la naturaleza, en la brisa y en los sonidos de la selva. Amaban la música y tenían conocimientos de zoología, botánica y medicina.
Los guaraníes eran semi nómades, polígamos, no adoraban ídolos y comían lo que la naturaleza les proveía.

Transcurriendo la colonización española, la ciudad de Goya se originó como asentamiento en el siglo XVIII, motivado por el progresivo quehacer del comercio fluvial vía río Paraná. Por éste se daba salida y traficaba la importante producción agro-ganadera desde el Paraguay hacia el Sur, mercadería que llegaba al puerto de Buenos Aires y desde allí se reembarcaba, es decir era exportada principalmente con destino a Europa.
Este movimiento portuario fue acercando gente hacia el lugar, principalmente “paisanos” criollos, que hasta entonces habitaban en las tierras no inundables por donde estaba la traza del llamado Camino Real, con sus postas en el trayecto de Buenos Aires a Corrientes y Asunción.
De esta manera fue creciendo este poblado que con el tiempo se convertiría en el Puerto de Goya.

Por azar del destino, el matrimonio Bernardo Olivera y Gregoria Morales había resuelto establecerse al sur del río Santa Lucía, en las proximidades de la Reducción de Santa Lucía de los Astos, por entonces único sitio de civilización y evangelización de la zona. Aquí, en estas latitudes, levantaron su vivienda justo a orillas del río Paraná Miní.
Olivera se presenta ante el Real Cabildo peticionando le sea concedido en depósito “un terreno vacío, yermo y despoblado, para poder criar en él algunos animales, para mantener a su numerosa familia... tierras que se encuentran en la otra banda que llaman Santa Lucía, en la costa del río Paraná (es decir, Paraná Miní)”.
Este petitorio fue escuchado por el Real Cabildo de Corrientes, se le adjudicó la tierra solicitada el 29 de agosto de 1771 con carácter de “merced” a uno de los que hasta esa fecha eran súbditos.
Según lo que ahora se sabe, Goya nunca fue fundada, es decir, no se cumplió con la ceremonia tradicional de conquista y colonización española para esos acontecimientos.

Fue declarada ciudad en 1852 y su nombre se puso en homenaje a la mencionada pobladora doña Gregoria Morales de Olivera (doña Goya), quien poseía un comercio de venta general y era famosa por la elaboración de quesos.
Entre los hitos históricos que hicieron famosa a la ciudad de Goya, está la historia de Camila O’Gorman, quien fue protagonista de un famoso drama durante el gobierno de Juan Manuel de Rosas.
Hija de Adolfo O'Gorman y Périchon de Vandeuil, su madre fue Juaquina Ximénez y Pinto.
Era nieta de Ana Perichon, la célebre "amiga" de Santiago de Liniers, reconquistador de Buenos Aires.
Camila nació en Buenos Aires en 1828. Tenía diecinueve años cuando conoció al párroco del Socorro, Ladislao Gutiérrez, llegado de Tucumán. La joven cantaba en las funciones religiosas y trataba al sacerdote en su casa. La afinidad espiritual se transformó en amor y la pareja decidió huir de Buenos Aires, el 11 de diciembre de 1847, en dirección a San Fernando, bajo los nombres de Valentina Desan y Maximo Brandier. Allí embarcaron con la complicidad del patrón del barco y llegaron a Goya, Corrientes, en tanto eran buscados por pedido del padre de Camila. Pero su suerte estaba escrita. Las fuerzas del gobierno los encontraron y apresaron. En un frío amanecer del 18 de agosto de 1848, Camila O’Gorman y Ladislao Gutierrez fueron fusilados. Los acribillados cuerpos de los amantes lograron finalmente perpetuar el abrazo por el cual se les quitó la vida.